南京大学的“自然地理学”学科点迄今已有90年的发展历史。1955年建立的自然地理学专业，是第一批国家重点学科，是国家首批硕士点、博士点、博士后流动站是国家理科基础科学研究和教学人才培养基地。近20年来，本学科点瞄准国际科学前沿，密切结合我国建设发展，以研究地球表层系统的地表过程与环境和水土资源为中心，研究地貌、水文、土壤、气候、生态-环境与人类活动的相互作用过程和发展规律。在中国自然区划、干旱半干旱区和青藏高原环境变迁、长江中下游地区生态演变、南水北调及喀斯特地貌发育规律、海岸与海岛资源环境等科研领域取得丰硕成果，获得国家自然科学奖2项，国家科技进步一等奖2项、二等奖3项；国家优秀教材特等奖1项，教育部优秀教材特等奖1项等。
近年来，本学科点进一步凝练科学问题，针对国际上发展地球系统科学和全球变化研究的学术前沿和国家经济社会发展的重大需求，将原来的研究方向调整为：1）地表过程与生态-环境演变；2）河海交互作用与海岸海洋沉积动力学; 3）水土资源利用；4）极地环境；5）全球变化的高新观测技术与数据采集; 6）地球系统演化中的人文因素。本学科点营造了“严谨求实、开拓创新”的学术氛围，注重本科生和研究生在校期间的科研实践，提高创新和创业能力,多出优秀成果。新增国家重大科学研究计划项目、课题和“863”课题6项，国家杰出青年科学基金项目2项、国家自然科学基金重点项目4项、国家公益性行业专项4项以及一大批其他科研项目，科研经费总额显著增加。加强了南京大学海岸与海岛开发教育部重点实验室和国际地球系统科学研究所的建设，新建成光释光测年实验室、树木年轮气候实验室、花粉分析实验室、水土资源环境实验室和GIS与遥感实验室等，与学校相关实验室形成了自然地理学研究实验室网络体系。

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