在科学研究方向上，南京大学工程管理学院特别关注国际学术前沿动态和我国管理与工程实践所提出的重大问题，并根据当今学科发展交叉融合与渗透互动的特点，在理、工、文、管多学科的交叉点上探寻新的学科生长点，研究领域与课题具有前沿性、前瞻性、综合性和广泛的社会应用。近期主攻方向有：社会经济系统演化、社会科学实验计算、物流工程、项目管理、工业工程、金融管理与金融工程、运作与收益管理、制造执行系统（MES）、实时数据管理与挖掘、智能信息处理与信息系统工程、自动化检测与仪表、认知技术与应用、光网络监测与控制、新型电子器件等。
 
    学院在学术研究、学科发展、社会服务和人才培养方面已有良好开端，与美国耶鲁大学、斯坦福大学、杜克大学、加拿大滑铁卢大学以及北大、清华、中科大、复旦等国内外著名高校和科研机构建立了广泛的学术联系和合作关系，一批著名学者被聘为南京大学工程管理学院的兼职教授和顾问。三年来，我院共在国内外核心期刊共发表学术论文380余篇，出版学术著作28部，承担各类科研项目近270项，其中国家自然科学基金项目和国家社会科学基金项目64项，国家863高技术计划项目1项，国家973重点基础研究发展计划项目1项，获得省部级以上科研成果奖69项。
 
    南京大学工程管理学院以“学道酬实，至任于群”为宗旨，力争经若干年努力，通过取得一批有突破性的学术成果和技术应用成果，成为国内管理科学与工程、控制科学与工程及光通信工程领域一支具有显著特色和影响力的富有朝气、蓬勃向上的中坚力量。