南京大学环境学院国际学术交流和合作日益活跃。2000年以来承担了欧盟项目“中国东部经济发达地区饮用水源中多氯化有机物的调查与风险评价”、“水体优先污染物对食品品质和人体健康的影响及其管理对策研究”等10项国际合作项目，举办国际和国内学术会议多次。与十多所国际著名大学和研究机构建立了长期合作关系，有十多位海内外知名学者任兼职教授，每年有十多人次出国进行合作研究和学术交流。学院国际活动频繁，与美国、欧洲以及港台等地的大学和研究机构有着广泛的联系，每学期均有海内外学者前来授课或作学术报告。