南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1978年教育部批准成立环境科学研究所，1984年成立环境科学系，1993年更名为环境科学与工程系，1999年成立环境学院，下设环境科学系和环境工程系。自1978年以来，环境学院已逐步形成了本科生、硕士生、博士生、博士后和继续教育完整的环境教育体系。现有环境科学和环境工程两个系，以及“污染控制与资源化研究国家重点实验室”等10余个研究单位。