2000年初，南京大学为了拓展学科的发展，确立了一批新兴的、并将大力扶持的重点学科。南京大学建筑研究所在这一背景下成立。她的研究对象是中国经济高速发展之下的建筑与城市现象，研究框架立足于基础性的建筑与城市理论，并以国际经验以及现代建筑历史为参照。研究最终服务于实际建造中相关问题的解决与突破。经过6年扎实稳步的发展，2006年11月在建筑研究所的基础上成立了南京大学建筑学院，学科的建设得到了进一步的发展。在2009年教育部学位中心公布的《2009学科评估高校排名结果》中，南京大学建筑学学科，在设立仅九年的短暂历史中跻身于全国第10[1]名。2010年4月，南京大学建筑学院与南京大学地理与海洋科学学院的城市与区域规划系合并组建了南京大学建筑与城市规划学院，原建筑学院现为南京大学建筑系。