经国务院学位委员会和教育部批准，南京大学分别于1993年和2004年建立高等教育学硕士点和教育技术学（数字媒体与知识工程）本科专业。其间，又经学校批准，开办了教育经济与管理、课程与教学论、教育技术学硕士点，分别授予管理学和教育学硕士学位。并成为教育学一级学科硕士点。新近又获教育硕士专业学位授予权。

        2006年，获得高等教育学博士学位授予权，填补了南京大学教育学科博士点的空白。2009年，国务院学位委员会决定在我国试办教育博士专业学位（Doctor of Education, Ed.D.），南京大学成为首批15所获得教育博士授权点的大学之一。这也是迄今为止南京大学唯一的专业学位博士点。教育研究院还可招收教育经济与管理专业的博士研究生、博士后。目前，教育研究院可授予“教育学”、“管理学”和“教育博士”3种博士学位。