全系设有历史学、考古学两个本科生专业，以及中国近现代史、中国古代史、世界史、专门史、国际关系史、边疆学、考古学7个博士点；考古学与博物馆学、专门史、中国古代史、中国近现代史、世界史、国际关系、民族学7个硕士点。1995年，本系被确定为国家教育部直属的文科人才培养和科学研究基地。1996年，经国家人事部评审建立博士后流动站；并成为首批进入国家工程的单位。1998年，本系经国务院学位办评审，获准按历史学一级学科招收博士生。本系世界史为国家重点学科，中国近现代史为江苏省重点学科，该专业科研教学团队被评为江苏省学科优秀梯队。南京大学中华民国史研究中心为教育部人文社会科学重点研究基地。新近成立的国际关系研究院，也已开始招收研究生。
历史学系具有很好的发展前景：历史学系现有的中国历史、世界历史和考古学三个一级学科，将建立为中国历史系、世界历史系和考古学系。三个系及其相关学科均独立招生。五年后的历史学院，师资力量将有明显改观，中国历史系、世界历史系和考古学系的人数与质量均有明显提高，总人数将在135人左右。具体情况，大致如下：海内外特聘与讲座教授5人，教授75人，副教授25人，讲师15人，教辅与行政人员在15人左右。另外，将由国内外博士后工作人员25人左右；学生人数也将有较大幅度增加，总人数将在1500人以上，其中3个系5各专业分别招生。具体情况，大致如下：本科生在750人左右，硕士生在400人左右，博士生在380人左右。历史学系将在学科建设、师资队伍、研究生培养、教学研究，以及对外交流与合作等方面取得全面提升与发展。