南京大学历史学系前身溯源于1902年建立的三江师范学堂国史科。1952年院系调整时，由原中央大学历史系、边疆政治系和金陵大学历史系合并而成。
全系设有历史学、考古学两个本科生专业，以及中国近现代史、中国古代史、世界史、专门史、国际关系史、边疆学、考古学7个博士点；考古学与博物馆学、专门史、中国古代史、中国近现代史、世界史、国际关系、民族学7个硕士点。
百余年来，一批史学大师和著名学者先后在本系任教，如陈汉章、柳诒徵、缪凤林、陈训慈、郭廷以、沈刚伯、朱希祖、张贵永、贺昌群、雷海宗、罗尔纲、韩儒林、白寿彝、陈恭禄、王绳祖、蒋孟引、王拭、王觉非、茅家琦等，奠定了南大历史系的学科构架、基本特色及发展基础