南京大学医学院前身为1914年成立的原金陵大学医学院和1935年成立的原中央大学医学院，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。现有临床医学和基础医学2个一级学科博士点及口腔医学一级学科硕士点，其中普通外科学为国家重点学科，内科学为江苏省重点学科。拥有3所附属医院和临床学院（南京大学医学院附属鼓楼医院、南京大学医学院附属口腔医院、南京军区南京总医院）、3所教学医院（南京脑科医院、南京市儿童医院、南京市第二医院）。临床医学为教育部高等学校特色专业建设点，口腔医学为江苏省高等学校特色专业建设点。设有跨学科研究中心，包括江苏省分子医学技术重点实验室、普通外科研究所、肾脏病研究所和肝胆外科研究中心等，进行跨学科研究和转化医学研究。设有三个本科专业：临床医学、基础医学、口腔医学。
师资力量
学院师资力量雄厚，现有中国工程院院士2人，博士生导师42人，教授124人，副教授180人。
科研成果
学院科研成绩显著，是我校进入SCI收录论文数量高产机构前20名中7个学科之一。近几年获得2009年国家科技进步二等奖，2009年教育部高等学校科学技术奖一等奖三项，2008年江苏省卫生厅新技术引进奖一等奖，2008年中华医学科技二等奖，2005年教育部科技进步一等奖，2004年教育部科技进步一等奖。
诺贝尔奖得主Barry Marshall教授学术讲座
国际交流与合作
学院国际交流频繁，每年学院都有学生前往哈佛大学、斯坦福大学、匹兹堡大学、哥伦比亚大学等著名学府医学院进行1-2年的交流学习。同时，学院还与澳大利亚西澳大学医学院签署有长期学生交流协议，向香港中文大学医学院派遣学生进行交流等。
人才培养
学院高度重视人才培养工作，坚持“两渗透、一加强”，即自然科学向基础医学渗透、基础医学向临床医学渗透，加强对学生的科研训练的教学指导方针，坚持“小规模、研究型、国际化、八年制”，培养模式分为“有导向的通识教育(1-2年级)à医学生的理学教育（3-4年级）à重研究的医学教育（5-8年级）”三个阶段，经过长期的研究和实践，建立了完备的“长学制医学生科研训练体系”，得到了教育部、国务院学位办的认可和高度评价。