软件学院现设有软件工程系、信息系统工程系、嵌入式技术系等三个系，开设软件工程本科专业，软件工程领域工程硕士专业，应用软件工程硕士专业，系统分析与集成硕士专业，应用软件工程博士专业。同时还设有（教育部/科技部）国家级Linux技术培训与推广中心、Cisco网络技术学院、IBM Linux人才培养中心、国家软件人才国际培训(南京)基地。学院形成了面向软件生产、面向软件服务等两类应用型软件人才的培养体系，开展系统分析与软件设计、软件过程与管理、数据库与信息系统工程、网络通信与多媒体技术、嵌入式软件技术等专门化方向的人才培养工作。
      软件学院秉承理论教学、软件技能培养和项目工程实践相结合的教学新模式，70%以上专业课程采用英文原版教材和双语教学，课程教学内容与产业界需求密切接轨。本科生开设的专业课程主要包括计算系统基础、计算机组织结构、面向对象程序设计、数据结构与算法、操作系统、网络通信系统、数据库系统、离散数学、统计与经验方法、软件工程概论、软件设计、大型软件系统构造与体系结构、软件测试、人机交互技术、软件过程与管理、软件模型与分析、高级C++程序设计、中间件技术、嵌入式系统、管理信息系统、Linux、互联网程序设计、应用集成原理与工具等，并要求学生选修部分学分的与国际著名软件企业合作的具体软件系统课程，完成课程实践项目2-3个，参加一学期毕业设计。此外，学院还组织学生进行程序设计比赛，组织学生参加全国各大软件设计比赛，鼓励学生开发创造；组织学生积极参加学校的各项文体活动，使学生得到全面发展。
        软件学院的目标是培养知识与技能相结合、技术与管理相结合、能力与素质相结合的具有国际竞争能力的多层次复合型高级软件技术人才和管理人才，使毕业生具有扎实的计算机软件理论基础知识、丰富的计算机软件开发经验、较强的科研动手能力、创新精神和团队精神，以及较强的软件项目管理能力，毕业生适合在软件企业、政府企事业单位的信息服务部门从事软件分析、设计、开发、测试和维护工作。
软件学院实行开放式办学，与美国马里兰大学、澳大利亚昆士兰大学等国际著名大学建立了教学合作关系，与Microsoft、IBM、Intel、Cisco、HP、Motorola、Oracle、Sybase、Rational、Siemens、Trend、Sun、Citigroup、Autodesk、Samsung等国际知名软件企业在人才培养、课程建设和学生实习等方面进行了广泛合作。学院依照软件产业需求来确定学生的培养方向，实现人才培养创新、教学模式创新、教学内容创新、课程设置创新和教学方法创新。通过理论教学、技能培训、工程实践和双语教学等手段建立一整套成熟的高级软件应用人才培养机制。Pascal语言设计者、图灵奖获得者沃斯教授，著名IT技术专家侯捷先生等一批知名专家曾经在学院作专题报告和授课。

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