软件学院现设有软件工程系、信息系统工程系、嵌入式技术系等三个系，开设软件工程本科专业，软件工程领域工程硕士专业，应用软件工程硕士专业，系统分析与集成硕士专业，应用软件工程博士专业。同时还设有（教育部/科技部）国家级Linux技术培训与推广中心、Cisco网络技术学院、IBM Linux人才培养中心、国家软件人才国际培训(南京)基地。学院形成了面向软件生产、面向软件服务等两类应用型软件人才的培养体系，开展系统分析与软件设计、软件过程与管理、数据库与信息系统工程、网络通信与多媒体技术、嵌入式软件技术等专门化方向的人才培养工作。