南京大学政治经济学硕士专业课程设置如下：
A类：
科学社会主义理论与实践（2学分）
马列经典著作选读（2学分）
英语（4学分）

B类：
现代经济学（3学分）
计量经济学（2学分）
国际经济学（2学分）
现代财务管理（2学分）

C类：
资本论研究（2学分）
转型经济学（3学分）
商用软件与网络（3学分）

D类：
产业组织研究（2学分）
发展经济学研究（2学分）
中国经济史与思想史研究（2学分）
财政税收研究（2学分）
货币金融研究（2学分）
高级微观经济学（3学分）
数理经济学（3学分）
高级宏观经济学专题（3学分）
高级宏观经济学（2学分）
企业组织理论（2学分）
非经济类毕业的硕士研究生需补学宏观经济学、微观经济学与其它两门（这两门任选）共四门本科课程。