学院坚持“重视基础研究，加强应用开发，推动成果转化，规范产业管理”为指导原则，在全院师生共同努力之下，科研工作日新月异，取得了丰硕的科研成果。
医药生物技术国家重点实验室（State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology）
实验室定位于基础和应用基础研究，主要用分子生物学、生物化学和化学方法进行多肽药物的基因工程、蛋白质工程及相关重要技术以及天然产物的研究，建立了一支稳定、高素质、思想活跃的年轻的学术队伍。在科学研究与人才培养等诸多方面取得了可喜的成绩，获得国内外同行专家的高度评价。
此外，学院还拥有许多装备精良，有影响力的实验室。例如功能分子研究所侧重于小分子活性化合物的研究，自2000年创建以来已经在国际影响较大的学术刊物上发表论文500余篇；生物技术研究所则致力于海滨湿地生态系统的保护与修复研究，创造生态经济效益数十亿元……