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自1999年起,根据教育部要求,原有的数学、计算数学及其应用软件、统计与概率、运筹学、应用数学等本科专业合并为数学与应用数学、信息与计算科学、统计学三个本科专业。数学系现设有三个本科专业:数学与应用数学专业、信息与计算科学专业、统计学专业。1988年我系的基础数学被评为国家重点学科,2000年基础数学再次被评为国家重点学科。2007年我系数学成为国家一级学科重点学科。数学系现拥有国家一级学科重点学科、国家理科基础科学研究和教学人才培养基地、数学一级学科博士点(即在数学学科的所有方向均可进行硕士生、博士生培养)及博士后流动站,形成了本科生、硕士生、博士生和博士后的完整培养体系。数学与应用数学专业现为教育部高等学校“第一类特色专业建设点”、江苏省高等学校品牌专业建设点,信息与计算科学专业现为江苏省高等学校品牌特色专业建设点。
该系的教师先后参加国家“攀登计划”中的非线性科学项目、“863计划”、 “973项目”、数学天元重点资助项目、国家自然科学基金项目等重大科研项目,并承担多项与经济建设、社会发展密切相关的研究课题,取得了丰硕成果及巨大的经济效益。在近几年完成的70余项国家及部、省级科研项目中,获得各类奖励30余项,其中有国家自然科学二等奖、中国高校自然科学一等奖,江苏省科学进步一等奖等高级别奖项。特别是近年来一些青年学者已成为各学科的学术骨干和学术带头人,取得了一些具有国际影响的成果,已获得2项“求是杰出青年学者奖”和1项“晨兴数学奖”,有3人被聘为教育部长江学者奖励计划特聘教授,4人获得国家杰出青年基金,2人获得教育部优秀青年教师奖励基金。该系长江计划特聘教授程崇庆为首届“晨兴数学奖”唯一一位中国内地获奖者。