自“211工程”和“985工程”施行以来，本系天体物理、天体测量与天体力学的研究取得了重要进展。“现代天文与天体物理教育部重点实验室”拥有一流的大型计算机服务器和国内第一座太阳塔。高能天体物理和太阳活动区物理研究方向在国内天文界的竞争实力进一步加强，获得国家自然科学基金委创新群体科学研究基金的资助。此外还主持多项国家自然科学基金项目，参加3项国家重点基础研究发展规划（973）项目。目前正在研制光学和近红外太阳爆发探测望远镜，并积极参与了中法合作“太阳爆发探测小卫星”及其科学数据中心的预研工作。在天体测量和天体力学方面，在继续保持基础研究优势的同时开拓了行星系统形成与动力学的研究，并参与了一批国防应用基础项目的研究。主持国家重点基础研究发展规划（973）项目1项，国家基金委重点基金1项。“十五”期间科研经费达2147万元，发表SCI期刊论文约200篇，比九五期间分别增加了1.5倍和65%。“十五”期间获国家自然科学二等奖2项、教育部提名国家科学技术奖自然科学一等奖3项、二等奖1项。