排名

2006年荣获国家自然科学一等奖；10年来取得国家自然科学二等奖12项，名列大陆高校第一。
在最能反映基础研究水平的SCI论文榜上曾经在我国大学中领跑7年；在国际顶尖杂志《Science》和《Nature》发表的论文数全国第一。
1995年，世界顶级学术期刊《Science》发布的大学排行榜中，南京大学位列中国高校第二，仅次于北大。
英国伦敦泰晤士报最新全球顶尖大学排行榜，南京大学位居143位，位于亚洲大学第27位，居国内高校第五。
上海交通大学高等教育研究所2008年世界大学学术排名，居国内高校第一。
2009年中国高校国家重大自然科学奖排行榜，位居国内高校第三。
2002年、2003年、2004年、2005年、2007网大中国大学排行榜，位居国内高校第三。
中国管理科学研究院《中国大学评价》课题组武书连：2009年中国15所一流大学之一，2009年中国研究型大学研究生创新环境排名，位居国内高校第四。
实验室

国家实验室（1个）：南京微结构国家实验室（筹）
国家重点实验室（6个）：固体微结构物理国家重点实验室、现代配位化学国家重点实验室、计算机软件新技术国家重点实验室、内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室、医药生物技术国家重点实验室、污染控制与资源化研究国家重点实验室（与同济大学合建）
教育部重点实验室（8个）：海岸与海岛开发教育部重点实验室、中尺度灾害性天气教育部重点实验室、介观化学教育部重点实验室、生命分析化学教育部重点实验室、高性能高分子材料实验室、近代声学教育部重点实验室、现代天文与天体物理教育部重点实验室（筹）、模式动物与疾病研究教育部重点实验室（筹）
教育部工程中心（2个）：蛋白质与多肽新药教育部工程中心、水处理与水环境修复教育部工程中心
重点学科

一级学科国家重点学科（8个）：中国语言文学、数学、物理学、天文学、化学、计算机科学与技术、地质学、生物学
二级学科国家重点学科（13个）：马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子学与固体电子学、材料物理与化学、环境科学、气象学、自然地理学、外科学（普外）
国家重点（培育）学科（6个）：世界经济、经济法学、中国近现代史、大气物理学与大气环境、水文学及水资源、环境工程
注：13个二级学科国家重点学科中不包含8个一级学科国家重点学科中的24个二级学科国家重点学科