南京大学鼓楼校区图书馆馆藏丰富，经长期积累，形成了比较系统、完整的综合性的藏书体系。至 2007 年底，总藏书量达到 491.70 万册（含院系资料室）。馆藏古籍线装书近40万册，其中善本古籍有3000余种、3万余册。地方文献、古代目录学文献以及丛书的收藏已形成特色。古代地方志共收藏有 4000 余种，近4万册，在各大图书馆中处于领先地位。收藏了多个国家和地区的多个语种的期刊，尤以物理、生物、地学、数学为特色。1949年以前的中文社会科学书刊与自然科学收藏也比较丰富。 鼓楼校区图书馆加大了发展电子文献的力度，购买了多种网络数据库、光盘数据库。至2007年底，可提供利用的电子全文包括：中文期刊 16529 种、外文期刊17272种、中文图书54万种、外文图书26.50万种，外国硕、博士学位论文10万余篇。