南京大学仙林新校区是南京大学为创建世界一流大学而建设的国际化新校区，位于南京三大副城之一的仙林大学城，地处九乡河湿地公园，东濒仙林湖，北望栖霞山景区，毗邻多所知名高校，2009年9月正式投入使用。南京大学仙林校区可征地面积共4910亩，先期征地约3800亩，建筑面积约120万平方米，人文与自然环境得天独厚，是南京大学一个多世纪以来规模最大的基本建设项目，也是中国建设标准最高、现代化和智能化程度最高的大学新校区之一。校区东部为江苏省体育训练中心，西部为九乡河湿地公园、羊山湖公园，南部为教师公寓南大和园，北部为科技园区南大科学园、江苏生命科技园，中间为教学区，是校区、社区、科技园区的综合体。

南京大学仙林校区综合设施全面，拥有一流的教学、生活等设施，餐饮、娱乐、休闲、购物等综合服务功能完善。地铁二号线直通校区门口（南大仙林校区站），直达新街口，新街口站换乘一号线可到南京大学鼓楼校区和南京主城各处。

南京大学是南京地区高校中第一个进入国际高教园区（南京国际高教园区位于仙林大学城，由江苏省和南京市共同规划设计，是江苏省和南京市顺应高等教育国际化发展趋势、建设创新型省份和培养高层次创新人才而采取的重大举措）的大学，南京大学将与世界知名大学和重点科研机构的全面合作，在促进江苏高等教育国际化方面发挥引领作用。仙林国际化校区的建设，也将为南京大学的国际化进程提供更广阔的崭新舞台。

仙林校区国际化特色鲜明，多所中外合作教学与研究机构同期落户。校区将建成一个包含部分非国际化办学内容的国际校园，其中2/3的建设用地用于国际化办学项目，1/3建设用地用于科技创新和配套、支撑项目。项目将建成5个国际学院，争取通过5-10年时间发展成为国家和江苏省的国际化知识创新、技术创新和高层次人才培养的重要基地，5个学院都已经与外方签约。这些项目的合作方，都是世界一流大学或国际知名的科研机构。首批建设的七个中外合作办学与研发项目是：中加学院、南京纽约学院、南京大学—南安普敦大学联合中心、南京大学公共卫生与健康医学国际合作研究中心、中法城市与区域科学研究中心、中德法学研究所、中法合作太阳爆发探测小卫星项目。

即将进入南京大学国际高教园区的还有与IBM公司合作的国际软件人才培训基地；与美国康乃尔大学合办的EMBA项目；与密苏里大学圣路易斯分校合办的IMBA项目；与新加坡国立大学合办的工程科学教育项目；与美国纽约科技大学开展的联合教育项目；与美国霍普金斯大学合办的工程硕士项目；与法国巴黎高等师范学校合办的“中法高级人才强化教育计划”项目等。

2012年仙林校区成为南京大学主校区，形成本、硕、博多层次的办学格局，并成为南京大学110周年校庆活动的主会场。