在院系划分上，仙林校区与鼓楼校区将用“纵切”方式进行院系划分：
鼓楼校区主要留一部分理科基础学科、文科应用学科和医学院，具体到院系为物理学院、数学系、商学院、法学院、医学院（除基础医学部）等，留鼓楼的原因除了这些学院原有固定的教学、办公、科研用楼外，更主要的考虑是这些学院与城市的关系较为密切。
仙林校区为学校主校区，主要是理科应用学科、文科基础学科及工科。现仍处过渡阶段，有些院系尚未整体迁入，等仙林校区院系楼建成后，对应院系全体师生即可全部迁入。采用“纵切”方式，可加强本科生、研究生之间交流合作，较“横切”划分更有利。
在功能定位上，据《南京大学“十二五”规划》，仙林校区主要容纳人文学科、理工科应用学科和部分基础学科、高技术学科，以及主体在鼓楼校区的社会学科和部分理工科基础学科的一至三年级本科生教学。鼓楼校区主要作为社会学科、医科、部分理工科基础学科开展科学研究及四年级本科生和研究生教学的主要场所。浦口校区主要作为金陵学院、模式动物研究所等单位的教学和研究的主要场所。

校区分工（黑体字标注院系的仙林校区院系楼已开始使用）
校区 学科类型 具体院系
仙林校区 人文学科院系
文学院、哲学系、历史学院、外国语学院、政府管理学院、
马克思主义学院、信息管理学院、新闻传播学院、社会学院、河仁社会慈善学院、大学外语部
理科应用学科和部分基础学科院系
天文与空间科学学院、地球科学与工程学院、大气科学学院、地理与海洋科学学院、生命科学学院、化学化工学院、环境学院、能源科学研究院
工科学科院系
计算机科学与技术系、电子科学与工程学院、现代工程与应用科学学院
国际合作项目院系 国际学院、创新创业学院
其他院系 医学院基础医学中心、匡亚明学院、中华文化研究院、体育部
其他机构 先进技术研究院等
鼓楼校区 社会学科院系
商学院、法学院
理工科基础学科院系 物理学院、数学系
医学学科院系 医学院
国际交流院系 中美文化研究中心、海外教育学院
其他院系 工程管理学院、软件学院、建筑与城市规划学院、艺术研究院、美术研究院、教育研究院等
其他机构 国家实验室、继续教育学院、网络教育学院、高新技术产业开发与经营等单位及相关学科
浦口校区 独立学院
金陵学院
其他院系、机构 模式动物研究所、化工基地、软件人才实训基地等[52] 
南大职工公寓南大和园建设完备后，学生和老师、高年级和低年级都会在一起。这可以使得老师和学生进行更好的交流。鼓楼仙林两校区之间交通便利，除地铁、公交直达外，学校还有校区往返班车，并开通“NJU Campus Express”校区信使，方便校区间物品传递。