医学院现设临床医学（八年制）、基础医学（七年制）和口腔医学（七年制）三个专业。现有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%，是南京大学11个进入全球前1%的学科之一。 以南京鼓楼医院、南京军区南京总医院（金陵医院）和南京口腔医院作为附属医院，并以南京市各专科医院作为教学医院，师资力量雄厚，现有中国工程院院士2人，博士生导师56人，教授151人，副教授220人。近三年获国家科技进步一等奖1项、二等奖1项，获教育部高等学校科技进步一等奖5项、二等奖2项。近三年获国家重大科研项目8项，国家自然科学基金204项，总累计科研经费约1.7亿元。