本院现有临床医学和基础医学两个一级学科博士点及口腔医学一个一级学科硕士点，有生理学、内科学、外科学三个二级学科博士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科。培养临床医学、基础医学和口腔医学硕士和博士研究生。以南京鼓楼医院、南京军区南京总医院和南京口腔医院、南京儿童医院作为附属医院