南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年；1949年解放后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统。1987年经教育部批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院，每年招收七年制医学生学生120名左右，三年制研究生150人左右，博士生65人左右。自1997年始，每年从六年级选拔50%优秀学生直接进入博士学习阶段，实施本、硕、博连读，九年一贯，毕业时获医学博士学位。经多年教学实践和探索，积累了重要经验，为我国长学制医学教育作出了必要的探索。二十五年来，医学院凭借南京大学雄厚的基础学科优势，依托多所高水平综合性、专科性医院的支持，形成了鲜明的“小规模、研究型、国际化”的办学特色，探索出了一条独具特色的办学之路。