南京大学哲学系的前身是中央大学哲学系，创立于1920年。1952年院系调整时撤销系建制，1960年恢复设立政治系哲学专业，1977年恢复哲学系，2000年在哲学系编制内设立宗教学系。本系另一源头为民国时期另一哲学重镇——金陵大学哲学系。在数十年历史中，刘伯明、汤用彤、宗白华、方东美、唐君毅、牟宗三、程石泉、倪青元、殷海光、熊伟、陈康、苗力田、潘菽、孙叔平、孙伯鍨等一批哲学大师和著名学者曾先后在本系任教。1978年，以本系教师胡福明为主要作者的《实践是检验真理的唯一标准》一文，在当时的思想解放运动中产生了历史性重大影响，并直接成为改革开放的理论先声。在数代学者的努力下，本系形成了既注重学科基础研究、又关注现实社会生活的优良传统，迄今已发展成为人才培养层次完备，师资力量雄厚，学科比较齐全，研究成就显著，在国内外有重要影响的哲学教学与研究基地。 
本系是我国首批获得博士学位授予权的哲学系之一。2002年成为哲学一级学科博士学位授权单位，下设马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、宗教学、科学技术哲学、东方哲学与宗教(自设)等八个博士点和相应硕士点，其中马克思主义哲学为全国重点学科，宗教学为江苏省重点学科，并设有涵盖上列所有学科的哲学博士后流动站。