本系是南京大学文科基础人才培育基地之一，十分注重学生的全面素质和创新能力的培养，着眼于培育基础扎实、知识面宽、适应性强的复合型人才，实行课堂教学、学术活动、社会实践相结合的“三元”教学模式，全面提高学生的综合素质。在本科生培养方面，近年来进行了以夯实理论基础、拓宽知识面、加强逻辑思维训练、培养阅读能力、提高论辩素养、强调经世致用、革新教学手段、加强教材建设为指导思想的教学改革。在研究生培养方面，各专业均以“建设一流学科、培养一流人才”为宗旨，注重培养研究生的理论思维素养、探索创新能力和综合素质培育。在严格管理的前提下，鼓励研究生参予各种学术活动，以本系研究生为主体的“博士论坛”在校内外有着广泛影响。除学校设立的奖学金外，本系还通过对外合作，设立了周恩来奖、金箔奖、华藏奖、道教奖、殷海光逻辑奖等一系列专项奖学金。多年来，该系培养了一大批哲学及相关学科教学科研高级专门人才和管理决策人才。各层次毕业生均以其较强的思想理论素养和实际工作能力、高度的社会责任感和健全的心理素质而享有良好的声誉。
该系首任系主任由著名的“学衡派”领袖、时任副校长的刘伯明教授兼任，此后，汤用彤、宗白华、方东美、唐君毅、牟宗三、熊伟、孙叔平、夏基松、林德宏、张一兵教授曾先后任系主任，现任系主任为宗教学与中国哲学专家徐小跃教授。