首先做个基本判断，从学校名气和综合实力来说，南京大学TOP10，远高于作为普通211的南京师范大学。从本学科实力来说，南师大以社科类见长，其思想政治教育专业拥有博士后科研流动站和一级学科博士点，在全国有较高的学术地位，而南京大学是以理科见长的学校，其政治学很强，但思想教育这个专业在全国没有很高的学术地位。所以，如果你打算以后搞思政方面的学术研究，在南师大比较好，如果打算哪个学位，以后进政府机构，那么南京大学很好。