南京大学对所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生设立“助学金”，每年6000元/人；

对新入学的优秀硕士研究生，设立“新生奖学金”，最高额度10000元；

对二、三年级硕士研究生，按一定比例设立“学业奖学金”，额度5000元；

在硕士研究生中，教育部设有“国家奖学金”，额度20000元；

此外，学校还设有冠名奖学金和“助教、助研、研管”岗位。