南京大学对纳入全国研究生招生计划的全日制新入学硕士研究生设立“助学金”，每月500元/人；同时设立三个等级的“学业奖学金”，奖额为每年6000—12000元/人；在全日制硕士研究生中，教育部设有“国家奖学金”，额度20000元/人。非全日制研究生不享受助学金、学业奖学金和国家奖学金。此外，学校设有各项冠名奖学金和“助教、研管”岗位；全日制研究生还可申请国家信用助学贷款（国家开发银行生源地信用助学贷款、中国银行校园地国家信用助学贷款）。