中国古典文献学专业以南京大学古典文献研究所为依托。古典文献研究所成立于1983年，是教育部在全国条件较好的大学批准成立的第一批古籍研究机构之一。本专业以整理和研究中国古代典籍、弘扬传统文化为宗旨。

本专业远绍黄侃、胡小石、汪辟疆等大家所开创的南京大学中文系传统文史研究的朴实雄厚之学风。自20世纪80年代以来，在首任所长程千帆先生、第二任所长周勋初先生、唐代文史研究名家卞孝萱先生，以及第三任所长程章灿教授的带领下，经过一批中青年学者的努力，在古典文献的整理、考订和理论阐发诸方面，形成了谨严踏实的学风，将文献学与文艺学相结合，赋予传统的古典文献研究以现代学术的品质。本专业在继承谨严求实的学风同时，又不断开拓发展的空间，如将古典文献研究与现代技术相结合进行古籍整理与研究，如加强海外汉学文献与域外汉文学文献的搜集、整理和研究。

本专业现有教师9人，其中教授6人，副教授3人。1985年该专业获得硕士学位授予权，1999年该专业获得博士学位授予权。现有博士研究生导师3人，硕士研究生导师9人。目前该专业在读硕士研究生28人，在读博士生15人。本专业学科带头人为程章灿教授。

本专业与中国古代文学专业密切协作，承担了一批大型古籍整理与研究项目，如程千帆先生主持的《中华大典•文学典》已出版，其中有卞先生负责的《隋唐五代文学分典》；程先生主编的《全清词》顺康卷二十册荣获国家图书奖；周先生主编的《唐人轶事汇编》荣获全国古籍整理一等奖，以上几项重大成果，在学术界影响很大。历经十余年、经过多名同仁合作的《册府元龟校订本》2007年出版，字数一千三百万，由周勋初先生主编，姚松、武秀成教授任副主编，该书校订精审，是本专业近年的标志性科研成果。

本专业原学科带头人周勋初先生治学出入文史，视野开阔，所撰七卷本《周勋初文集》在新时期的传统文史研究中占有十分重要的地位，新著有《师门问学录》和《李白评传》。博士生导师徐有富教授对文献学的基本理论进行了系统研究，与程千帆先生共同完成古委会的重点科研项目《校雠广义》，荣获第四届国家图书获，另撰有《郑樵评传》、《治学方法与论文写作》，主编《中国古典文学史料学》，新著有《唐代妇女生活与诗》，正在撰写《中国目录学史》。博士生导师程章灿教授在魏晋南北朝、唐宋文学研究方面深有心得，有《魏晋南北朝赋史》、《刘克庄年谱》、《世家大族与六朝文学》、《赋学论丛》、《旧时燕》》等专著出版，译著有《迷楼：诗与欲望的迷宫》。程教授于石刻文献亦研究多年，已有《石学论丛》出版，并在古典文献学专业逐步形成石刻文献资料中心和研究中心，目前正在进行《魏理与二十世纪英国汉学研究》、《碑志文体的形成与演变研究》。博士生导师曹虹教授在中国散文史和佛藏文献研究方面齐驱并进，撰有《阳湖文派研究》，近著有《慧远评传》《中国辞赋源流综论》，目前正在进行《清史•艺文典•散文篇》和域外汉文学研究。严杰教授在唐宋文学文献研究方面有《欧阳修年谱》《白居易集校正》《颜真卿评传》等成果。武秀成教授在《旧唐书》研究方面有潜心多年的专著《旧唐书辨证》，此书获江苏省第九届哲学社会科学优秀成果二等奖，并获全国优秀博士论文提名奖，新著有《陈振孙评传》。赵益副教授在道教文献研究方面有新著《六朝南方神仙道教与文学》、《古典术数文献述论稿》二书。徐雁平副教授撰有《胡适与整理国故考论：以中国文学史研究为中心》一书，《清代东南书院与学术及文学》即将出版，承担三个部级科研项目，研究方向为清代学术与文学。
本专业已出版“南京大学古典文献研究所专刊”二十余种，出版《古典文献研究》集刊九辑，在学界均有很好的口碑。