南京大学附属中学原名金陵基督女书院，1927年改名为私立中华女子中学，初为美国基督教会所创办的教会学校，首任校长为赖瑛（Miss Lyon）。1952年，中华女中合并江南中学与光明中学在1951年合校成立的私立鼓楼中学以及1948年成立的南京市立第二初中，改名为南京市第十一中学；1958年5月成为南大附中，定名为南京大学附属中学，1962年到1989年间重名十一中学，1989年5月12日复名为南京大学附属中学。1999年6月，青岛路中学并入南京大学附属中学。

         南京大学附属中学的校史源远流长。她历经了一百多年的风雨沧桑,悠悠岁月,是沿着一条艰难曲折、奋发图强的道路走过来的。她始建于1896年，定名为金陵基督女书院,是一座由美国基督教传教士赖瑛（Miss Lyon）女士创办并兼任院长的教会学校。当时校址在南京市保泰街35号。早在1946年中共南京地下市委就委派党员沙轶因同志到中华女中领导师生开展革命工作，之后在师生中发展党员多名。新中国诞生后，南京市文教局于1952年决定将私立中华女中，二初中，私立鼓楼中学合并成立为南京市第十一中学，校址在石城中心，钟鼓楼旁，即今天的鼓楼街83号。

        1960年为加强与南京大学的联系，不断提高教育质量，经南京市教育局，南京大学和十一中协商，将南京市第十一中学改名为南京大学附属中学。1968年11月又恢复原校名为南京市第十一中学。1989年，为贯彻《中共中央关于教育体制改革的决定》，探索大学、中学教学合作的新途径，搞好高等学校与普通中学教育的衔接，促进教育事业的发展，经南京大学，南京市教育局，鼓楼区教育局和十一中协商决定，于1989年5月12日将十一中复名为南京大学附属中学。在党的改革开放的春风沐浴下，学校的办学效益不断提高，1997年4月经市教育局检查验收，学校被定为南京市市级重点中学，1999年6月经地方政府批准，将原青岛路中学并入该校，进一步扩大了学校的办学规模。