南京大学管理学院起源于1902年三江师范学堂时期的商科；1952年院系调整时，南京大学的经济和管理学科调整到其他院校；1978年南京大学恢复经济学系，1986年成立企业管理系，在此基础上，于1988年成立南京大学商学院。自成立以来，南京大学商学院逐步形成了多学科协调发展的格局。为充分发挥经济和管理两大学科群的整体优势，商学院于2006年9月分设管理学院和经济学院。

  管理学院现有工商管理、会计学、市场营销、电子商务和人力资源管理五个系；下设企业战略研究所、人力资源战略研究所、财务与会计研修中心、市场研究与咨询中心、中国直销研究中心、中国审计研究中心等研究机构。目前，学院已形成本科、硕士、博士及博士后四个层次的人才培养结构，即一个博士后流动站：工商管理（1998）；一个国家一级学科博士点：工商管理（2003）；四个二级学科博士点：企业管理（1993）、会计学（2003）、技术经济及管理（2004）和人力资源管理（2005）；五个硕士点：企业管理（1990）、会计学（1994）、MBA（1994）、EMBA（2002）、MPAcc（2004）；以及工商管理（1985）、会计学（1993）、财务管理（1999）、电子商务（2001）、市场营销（2003）等五个本科专业。其中企业管理为国家重点学科，会计学为江苏省重点学科。