南京大学图书馆是首批全国古籍重点保护单位，历史源远流长，其发展可上溯至二十世纪初建立的中央大学图书馆和金陵大学图书馆。在南京大学图书馆的历史上，著名图书馆学家刘国钧、 李小缘、施廷镛和国学大师胡小石等诸先生，先后主持过馆务。

南京大学图书是国内较早从事计算机应用的高校图书馆。1986年在国内首先研制成功条型码计算机中文图书流通管理系统并投入实用。1992年开发的中文采购、编目管理系统等正式投入实际使用，受到同行的广泛好评。1998年底，南京大学图书馆全面更新了图书馆管理系统，各个院系分馆正延伸服务，逐步实现南京大学（包括浦口分馆）图书流通的“一卡通”，已有化学化工学院、建筑研究所、国际商学院、物理系等院系资料室，均纳入图书馆的计算机系统统一管理。