南京大学苏州研究生院是2003年12月获得教育部正式批准的以培养高层次应用型科技创新人才和高级管理人才为主要目的的公办性质直属异地办学机构，在研究生招生和培养方面与南京大学校本部的学生同样要求，并具有相同的水平和质量。2005年6月8日，南京大学苏州研究生院正式揭牌，面向苏州市经济和社会发展特别是苏州工业园区高新技术产业发展的需要，探索和发展新型的人才培养和科技创新方面的合作机制，更好地为江苏地方经济发展服务。

        南京大学苏州研究生院主要以培养专业学位研究生为主，目前主要招收的专业学位研究生专业有工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）和工程硕士（有项目管理、物流工程、工业工程等领域）。同时，还设有不同方向的研究生课程进修班以及与苏州本地企事业单位合作的短期培训项目。